（一）重大項目研究
近年來，神農架國家公園科學研究院先后主持或參與國家科技支撐計劃、“963”計劃、國家重大專項計劃、湖北省技術創新專項（重大項目）、湖北省自然科學基金等國家、省級科研項目、計劃20余項，其中主持國家科技支撐計劃2項、湖北省重大專項計劃2項、中央引導地方科技發展計劃1項，湖北省科技計劃9項；參與國家科技支撐計劃、國家重大專項、“963”計劃、“873”計劃各1項，累計獲得科研經費資助5000余萬元。
目前正在實施的項目課題有國家科技重大專項、湖北省科技重大專項、湖北省科普專項等計劃項目6項。
（二）實驗室開放性課題研究
神農架金絲猴保育生物學湖北省重點實驗室是我國國家公園體制試點區中第一家省級重點實驗室，省級實驗室是科研攻關合作的重要平臺。神農架國家公園科學研究院充分利用省級重點實驗室的平臺效應，每年面向全國大專院校、科研研究公開征集實驗室開放課題。自創新以來，依托單位共投入300余萬元征集和設立了38個實驗室開放課題，平均每年約5個。研究內容涉及神農架國家公園生態保護的各個方面，以解決國家公園切實問題為基準，全面進行技術創新及突破。歷年來共吸引了中科院動物所、華中師范大學等20余所科研機構的科研人員開展合作研究，提高了神農架國家公園科技創新水平，培養了本土科技人才，取得了一系列科研成果。
（三）本底資源調查項目
2022年下半年，設置神農架國家公園本底資源綜合調查項目，編制《神農架國家公園資源本底調查實施方案》，組織專家進行論證，調查范圍涵蓋周邊保護地，面積2300平方公里，設立高等植物、維管束植物和等15個專題。遴選中科院微生物研究所、中科院動物所等16個全國同行頂級團隊承擔相關專題研究。2023年初召開了項目啟動會，全面啟動16個專題外業調查工作。
